ทีมเข้าแข่งขันทั้งหมด 81 ทีม จะ 5 ภูมิภาค แบ่งเป็น โซนภาคเหนือ 18 ทีม, ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 16 ทีม, ภาคกลาง และภาคตะวันออก 18 ทีม, กรุงเทพ และปริมณฑล 18 ทีม และภาคใต้ 11 ทีม โดยจะคัดเลือกอันดับ 1-2 ของโซนภาค เหนือ, ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ, ภาคกลาง และภาคตะวันออก, กรุงเทพ และปริมณฑล และอันดับ 1 ของภาคใต้ รวมถึงอันดับ 3 ที่ทำคะแนนดีที่สุด 2 อันดับแรก ของโซนภาคกลาง และกรุงเทพ และปริมณฑล จะเข้ารอบแชมเปี้ยนส์ลีกโดยอัติโนมัติ ส่วนอันดับ 2 ของภาคใต้ ต้องไปเตะเพลย์กับทีมอันดับ 3 ที่ได้คะแนนน้อยที่สุดจากโซนภาคเหนือ, ภาคกลาง และกรุงเทพ เพื่อคว้าสิทธิเข้ารอบแชมเปี้ยนส์ลีก
ผลการจับฉลากประกบคู่การแข่งขันนัดแรกของลีกภูมิภาคมีดังนี้
โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
อุดรธานี เอฟซี-นครพนม เอฟซี
ชัยภูมิ เอฟซี-กาฬสินธุ์ เอฟซี
หนองคาย เอฟที-สกลนคร เอฟซี
ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด-ยโสธร ยูไนเต็ด (คู่เปิดสนาม วันที่ 14 กุมภาพันธ์)
มหาสารคาม ยูไนเต็ด-เลย ซิตี้
ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด-มุกดาหาร ซิตี้
อุบล ไทเกอร์ เอฟซี-อำนาจเจริญ ทาวน์
หนองบัวลำพู เอฟซี-สุรินทร์ เอฟซี
โซนภาคเหนือ
พะเยา เอฟซี-เพชรบูรณ์ เอฟซีลำพูน วอริเออร์-ปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ยู
กำแพงเพชร เอฟซี-เชียงราย เอฟซี
พิจิตร เอฟซี-ตาก เอฟซี
นครสวรรค์ เอฟซี-พิษณุโลก ทีเอสวาย
ลำปาง เอฟซี-สุโขทัย เอฟซี
อุตรดิตถ์ หมอเส็ง- แพร่ ยูไนเต็ด
สิงห์บุรี เอฟซี-เชียงใหม่ เอฟซี
อุทัยธานี ฟอเรสท์-น่าน เอฟซี
โซนภาคกลาง และตะวันออก
อยุธยา เอฟซี -ปราจีน ยูไนเต็ด
ระยอง เอฟซี-มาบตะพุด นย.ระยอง
ปทุมธานี เอฟซี-ตราด เอฟซี
นิวธัญบุรี ยูไนเต็ด-ประจวบ เอฟซี
สระแก้ว ซิตี้-ฉะเชิงเทรา เอฟซี
เมืองกาญจน์ เอฟซี-กองเรือยุทธการ
นครนายก เอฟซี-ลพบุรี เอฟซี
กบินทร์บุรี ซิตี้-สมุทรปราการ เอฟซี
อ่างทอง เอฟซี-เพชรบุรี เอฟซี
โซนกรุงเทพฯ และปริมณฑล
จามจุรี ยูไนเต็ด-ลูกอีสานการบินไทย
เซ็นทรัล ราชสีมา-อาร์แบค-บีอีซี เทโรศาสน
ปราจีนบุรี เอฟซี-อัสสัมชัญธนบุรี
สมุทรปราการ ศุลกากร-ม.เกษมบัณฑิต,
กรุงเทพคริสเตียน-โกลเบล็ก เอฟซี
ม.เกษตรศาสตร์-นนทบุรี เอฟซี
กรุงธนบุรี เอฟซี-ไทยฮอนด้า
สมุทรสาคร เอฟซี-สมุทรปราการ ยูไนเต็ด
รังสิต เอฟซี-นอร์ธกรุงเทพ เอฟซี
โซนภาคใต้
ยะลา เอฟซี-ปัตตานี เอฟซี
นครศรีธรรมราช เอฟซี-ชุมพร เอฟซี
นราธิวาส ยูไนเต็ด-ตรัง เอฟซี
สุราษฏร์ เอฟซี-ระนอง เอฟซี
หาดใหญ่ เอฟซี-สตูล ยูไนเต็ด
ส่วน พังงา เอฟซี ยังไม่ได้ลงเตะในสัปดาห์แรกของฤดูกาล
ด้านพิธีเปิดการแข่งขันฟุตบอล "เอไอเอสลีกภูมิภาค 2012" จะจัดที่สนามกีฬาจังหวัดร้อยเอ็ดอย่างยิ่งใหญ่ ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ เวลา 18.00 น. ตามด้วยคู่เปิดสนามระหว่าง "กระรอกขาวเจ้าสนาม" ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด และ "บั้งไฟโก้" ยโสธร ยูไนเต็ด สทท.11 ถ่ายทอดสด ส่วนคู่อื่นจะเตะกันในวันที่ 18-19 กุมภาพันธ์
